| Impianto strutturale |
| La chiesa di San Niccolò a Cortona è un edificio sacro in muratura portante. L'interno della chiesa è costituito da un'unica aula rettangolare allungata. È presente un ampio palco dell'orchestra sopra il portale d'ingresso. |
| Facciata |
| La facciata è a capanna in filari di pietra squadrati regolari; sopra il portale d'ingresso è presente un piccolo occhio con cornice quadrata in pietra più chiara sul fondo di una struttura muraria a conci di pietra squadrati. È presente un bel portico con colonne di pietra e capitelli corinzi coperto da un'unica falda. |
| Elementi decorativi |
| Il soffitto della chiesa è costituito di lacunari di legno. La Chiesa tre altari e alle pareti laterali si vedono i resti dei settecenteschi banconi per accogliere i fratelli della compagnia. |
| Elementi decorativi |
| La chiesa conserva opere d'arte tra cui il capolavoro di Luca Signorelli. Proprio sull'altare maggiore domina il dipinto di Luca Signorelli: la deposizione di Gesù dalla Croce. Nella parte posteriore è dipinta la Madonna col Bambino fra i Santi Pietro e Paolo. |
| Cappella |
| Entrando a destra si apre una piccola cappella aperta probabilmente per conservare la statua di Gesù che va al calvario portando la croce. Su di questa cappella sono dipinti stemmi delle famiglie nobiliari di Cortona. |